Kolekcja papieska
W Muzeum nie zabrakło również pamiątek po papieżu Janie Pawle II (1978-2005), jak i jego znakomitych poprzednikach: Piusie VI (1775-1799) i Piusie IX (1846-1878). Na zbiór przedmiotów związanych z Janem Pawłem II, a podarowanych do Muzeum przez kard. Stanisława Dziwisza, składają się: jeden z ostatnich ornatów papieża z kaplicy Pałacu Watykańskiego, stuła której użył podczas Mszy św. w 50. rocznicę swych święceń kapłańskich oraz kielich z pateną – pamiątka Mszy Św. na krakowskich Błoniach w 2002 roku, podczas której beatyfikował o. Jana Beyzyma SJ (1850-1912). Przechowywane są tu również: jego przybornik do papieru, długopis oraz chusteczka. Pamiątką po Piusie VI (1775-1799), jest aksamitny pantofel, zaś po Piusie IX (1846-1878) – jedwabny pas. Jest też pokaźny, liczący paręset sztuk, zbiór medali papieskich związanych z osobami: Leona XIII (1878-1903), Piusa IX (1846-1878), Piusa X (1903-1914), Benedykta XV (1914-1922), Piusa XI (1922-1939), Piusa XII (1939-1958), Jana XXIII (1958-1963) i Pawła VI (1963-1978). Najliczniej prezentowane są, co oczywiste, medale wybite za pontyfikatu papieża Jana Pawła II (1978-2005).